Dat het vliegveld een doorn in het oog van de geallieerde troepen bleef, getuigen de vele spionagefoto's en plannetjes die de ronde deden van dit vliegveld. Hierboven een Engelse schets van het vliegveld met vrij veel details, daterend 1944. Het vliegveld was toen nog altijd in Duitse handen. (Plan: Collectie Gentse Stadsarchief - Buskruit en Sauerkraut)
Het vliegveld van St Denijs Westrem viel na de bezetting onder de bevoegdheid van de Duitse Luftwaffe. Daarnaast was er hier ook een opleidingscentrum voor nieuwe piloten. De manschappen werden naast de kazerne van Maaltebrugge ook gehuisvest in kastelen in de buurt zoals bv kasteel Hanus (huidige Maria Middelares).
Vanaf juni 1940 was ook de Seenotdienst hier gevestigd. Deze moest zich bekommeren over het uitwerpen van rubberbootjes in het kanaal voor neergehaalde piloten.
Vanaf 1941 viel de uitbouw van de luchthaven onder de bevoegdheid van Organisation Todt. Deze organisatie realiseerde hoofdzakelijk de constructie van bunkers en schuilkelders overal ten lande. Het vliegveld kreeg een verharde grasbaan en aan de randen van het vliegveld werden verharde betonstroken en parkeernissen aangelegd. Deze dienden om de vliegtuigen gespreid en verdekt op te stellen. Er werden ook nog een nieuwe controletoren, een officierenmess en drie hangars gebouwd. Ook werden er drie betonnen bunkers gebouwd waarvan er heden nog één exemplaar bestaat op de terreinen van Maria Middelares.
Ook werden opnieuw nepvliegvelden aangelegd in de directe omgeving om geallieerde bommenwerpers te misleiden. Hier en daar werden afweertorens opgericht en afweergeschut opgesteld.
In het gebouw van openbare werken te Gent werden vliegtuigmotoren hersteld en getest. De hoofdtaak van het vliegveld bleef echter dat het een lazaretvliegveld was voor het Bijlokehospitaal dat was omgevormd in een Duits militair Hospitaal. Het dichtstbijgelegen vliegveld gebruikt voor Duitse jachtvliegtuigen werd Wevelgem.
Samengaand met dit vliegveld werd ook het domein de Ghellinck te Zwijnaarde in gebruik genomen als opslagplaats voor munitie.